Chociaż działalność Banku Społem została przez Niemców zawieszona już 16 września 1939 roku, bank nadal prowadził swoja działalność – teraz już w całkowitej konspiracji.
Od połowy września 1939 roku w Radzie Nadzorczej Banku Społem pracowali: Leon Klasa (jako przewodniczący RN), Jakub Pioch, Leon Wenta, Franciszek Bigus, Jan Bigus, Jan Koszatka, Józef Jeliński oraz Józef Peta – jako członkowie Rady Nadzorczej.
W skład Zarządu Banku Społem w tym samym roku weszli: Jan Kiedrowski (Prezes Zarządu) oraz Robert Kolka i Jan Koszałka — jako Członkowie Zarządu.
Bank skupił swoją działalność przede wszystkim na finansowaniu przedsięwzięć łączących działalność spółdzielczości wiejskiej ze spółdzielczością miejską.
Po jego połączeniu z Centralną Kasą Spółek Rolniczych (CKSR) powstał Bank Gospodarstwa Spółdzielczego (BGS), który miał charakter centrali organizacyjnej, rewizyjnej i finansowej wobec Spółdzielni Oszczędnościowo-Pożyczkowych (SOP).
